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Il est difficile d'énoncer une règle générale pour le genre des noms de fleuve, sauf qu'aucun n'est neutre.

L'eau vive, les sources, les cours d'eau ont souvent été divinisés par les peuples anciens.
Chez les peuples pré-germaniques, ils étaient en général personnifiés sous une forme masculine.
Dans l'espace germanique, les divinités devenaient féminines, l'eau elle-même étant du genre féminin (cf. aqua en latin, ach en germanique - racines qui se retrouvent, sous une forme plus ou moins altérée, dans les noms de fleuves, mais aussi de localités, tant d'ailleurs en français qu'en allemand).
Néanmoins, quelques noms de fleuve allemands sont restés masculins, notamment le Rhin - il est vrai que Vater Rhein est un fleuve puissant, parfois même impétueux, ce qui ne l'empêche pas de donner hébergement à des ondines telle la Lorelei...

Tout cela est affaire de culture et de spécialiste et ne peut servir de point de repère efficace dans la vie courante. Pour la pratique, on se contentera des observations suivantes:

La plupart des noms de fleuve germaniques ou germanisés sont féminins.
Quelques uns parmi ceux qui sont masculins doivent être appris.

Les noms de fleuve étrangers sont dans la majorité masculins.
Mais ceux qui ont une consonnance "féminine" (terminaison a ou e) sont féminins.

Liste non exhaustive

Fluss [la rivière, le fleuve], Strom [le cours d'eau, le fleuve], Bach [le ruisseau] sont du genre masculin.

die
Aache l'Aache
Aar l'Aar
Aare l'Aare
Donau le Danube
Drau le Drau
Elbe l'Elbe
Emme l'Emme
Fulda le Fulda
Havel la Havel
Lahn la Lahn
Lippe la Lippe
Loisach le Loisach
Mosel la Moselle
Nahe la Nahe
Neiße la Neiße
Oder l'Oder
Pegnitz la Pegnitz
Regnitz la Regnitz
Rems la Rems
Ruhr la Ruhr
Spree la Spree
Ilz l'Ilz
Werra la Werra
Weser la Weser
Wupper la Wupper

der
Eisack l'Eisack
Inn l'Inn
Lech le Lech
Main le Main
Neckar le Neckar
Regen le Regen
Rhein le Rhin

Liste non exhaustive

Il est là aussi difficile de donner une règle générale. On peut cependant constater que la préférence va au genre masculin, peut-être par référence au mot Fluss.

der
Amazonas l'Amazone
Aveyron l'Aveyron
Don le Don
Jangtse le Yangste
La Plata le La Plata
Mississippi le Mississippi
Nil le Nil
Po le Po
Tiber le Tibre

die
Berezina la Bérézina
Etsch l'Adige
Lena la Léna
Maas la Meuse
Rhône le Rhône
Schelde l'Escaut
Seine la Seine
Themse la Tamise
Weichsel la Vistule

Exemples de noms de ville

1. faisant référence à l 'eau

Aachen
Biberach
Steinach

2. faisant référence à un cours d'eau

Gladenbach
Mönchengladbach

Frankfurt am Main
Frankfurt an der Oder
Verden an der Aller

Aarau
Nekarsulm
Regensburg
Remscheid

11.1.2002 - 7.6.2003